Fahruddin Faiz lahir di Mojokerto pada 16 Agustus 1975. Pendidikan dasar dan menengahnya sempat dihabiskan di pesantren tradisional dan Madrasah Aliyah Program Khusus (MAPK) Jember. Dia menamatkan S1 di Universitas Islam Negeri Sunan Kalijaga Yogyakarta jurusan Akidah Filsafat pada tahun 1998. Melanjutkan program Magister di Universitas yang sama jurusan agama dan filsafat lulus pada tahun 2001. Tahun 2014, Fahruddin Faiz berhasil meraih gelar Doktor masih di Universitas Islam Negeri Sunan Kalijaga jurusan Studi Islam. Selain pendidikan formal, Fahruddin sempat mengikuti Short-Course on Research-Management, NTU Singapura (2006) dan Short-Course on Islamic-Philosophy, ICIS (International center for Islamic Studies), Qom, Iran (2007)